在科舉制度發展成熟之初的唐宋時期，其積極性還占主導地位。但在宋代以后，隨著封建專制的非人道發展，科舉的消極性越來越大。宋代以后，士大夫知識階層的文化創造能力每況愈下，人才一代不如一代。 [12]

后期的科舉制度使儒學成為統治者奴化臣民的工具;官僚隊伍壯大，但導致從事科學技術研究的人才力量相對薄弱。

隨著科舉制度的發展，特別是在封建社會下，科舉制度也會產生一些消極的影響。

第一，由于統治者改變考試內容使科舉成為束縛知識分子思想的枷鎖。明太祖將源于元朝的八股文體正式定為科舉考試文體。這種文體由破題、承題、起講、入手、起股、中股、后股、束股等段落組成，后四個段落中均有兩股對仗的文字，合共八股，所以叫作八股文。八股文的主題須代圣人立言，即以孔子的思想去指導寫文章。清朝將圣人擴大到孔門弟子及朱熹等理學家在內的圣賢，并要求以朱熹行文的語氣為樣式。乾隆以后，試帖詩成為科舉考試的重要項目。試帖詩與八股文一樣，有固定的程式，也是八聯十六句，不過八股變為六股。首聯如破題，次聯如承題，三聯如起講，四五聯如中股，六七聯如后股，八聯如束股。而且必須發揚孔孟和朱熹思想，不可任意抒發自己的感想。定八股的原來用意本可能是要求用統一固定的格式寫，便于考官評分，以示“公平”。否則，各人有各人的寫作風格，必出現“仁者見仁，智者見智”，難分高下的情形。但是后來卻成了統治者控制思想的工具，由于考八股文，壓抑了那些本來不擅長科舉科目的人的思想，也使一些知識分子，無法在學術上、思想上進行創新。從而導致了思想上的落后，使科學技術的發展也停滯不前。嚴復曾對科舉制這樣描述：“八股取士，使天下消磨歲月于無用之地，墮壞志節于冥昧之中，長人虛驕，昏人神智，上不足以輔國家，下不足以資事畜。” [71]

第二，由于入仕途徑單一，只有通過科舉考試的人才能做官，而很多人又有做官就能發財的想法，所以導致部分士人產生了畸形的價值觀，從而催生一些家庭和社會悲劇。

第三，科舉制度導致官場腐敗。科舉制度隨著歷史車輪的推進，出現了科舉制度的政治化，天地君親師的教育又造成了師門關系的盛行。這樣造成了嚴重的師門裙帶關系現象。這些師門關系在官場中互相拉幫結派，并且官官相護。清朝乾隆年間的大貪官和珅就是一個最好的例子。他借著乾隆皇帝對他的寵愛而一手遮天，收受賄賂，富可敵國。而且就多次利用科舉考試的題目為餌收取考生賄賂的錢財。這就不利于國家建設一個公正、公平、公開的社會良好制度。造成了官場的黑暗和社會的混亂。