噶爾丹叛亂發生在清朝康熙年間。噶爾丹為衛拉特蒙古準噶爾部首領巴圖爾渾臺吉第6子，康熙九年(1670年)殺兄襲為臺吉。繼而，他出兵擒獲叔父楚琥爾烏巴什，攻破和碩特部首領鄂齊爾圖車臣汗。十七年二月，又東向青海，行11日后，恐清軍甘肅關外兵斷其后，中途回師。十八年夏，噶爾丹兩次出兵，占領哈密、吐魯番。西藏__喇嘛封其為“博碩克圖汗”。

　　十九年，噶爾丹應__喇嘛之請，派兵幫助天山南路伊斯蘭教“白山派”首領阿帕克和卓與“黑山派”爭斗，乘機奪占南疆地區。噶爾丹率兵經阿克蘇、烏什等地進攻喀什噶爾(今新疆喀什)。葉爾羌王伊斯瑪伊勒汗子巴巴克蘇勒坦率軍抵抗，兵敗身死。噶爾丹繼奪取喀什噶爾后，又奪占葉爾羌，俘伊斯瑪伊勒汗。至此，噶爾丹兼有四衛拉特，并控制南疆地區，遂將兵鋒轉向漠北喀爾喀蒙古。

　　二十六年九月，噶爾丹借口土謝圖汗察琿多爾濟殺其弟，宣布起兵復仇，分南北兩路征討喀爾喀蒙古，并揚言所借俄羅斯兵將至。時土謝圖汗遣其弟西第什哩率近萬人與俄軍對峙于色楞格斯克，身邊兵弱將寡，遂被擊敗。噶爾丹隨即分兵兩路，一路由其親率，越土拉河，直趨克魯倫，往劫車臣汗牧地;一路由丹津鄂木布率領，徑赴額爾德尼昭，企圖擒哲布尊丹巴呼圖克圖為人質。

　　二十七年六月，哲布尊丹巴呼圖克圖夜遁，后率部至蘇尼特部地方。康熙帝命內蒙古翁牛特、巴林、克什克騰、四子部落等共派兵2500名，暫駐蘇尼特一帶防守;并允許喀爾喀蒙古部眾暫留蘇尼特等部牧地。七月，康熙帝派一等侍衛阿南達、喇嘛商南多爾濟等攜敕往噶爾丹，命其罷兵;命安親王岳樂，簡親王雅布各率包衣兵500人赴蘇尼特部汛界駐防;調阿壩哈納班第戴青、車陵戴青派兵防護哲布尊丹巴，并往瀚海戍防。當月十四日，得知噶爾丹兵已至呼倫貝爾地方，康熙帝命盛京(今沈陽)兵1000名，會合科爾沁部兵1萬，于指定地區布防。八月，噶爾丹由呼倫貝爾撤走，清廷遂命科爾沁兵還部。初三日，土謝圖汗與噶爾丹相遇于鄂羅會諾爾，鏖戰3日，土謝圖汗大敗，越沙漠奔至哲布尊丹巴處。

　　清廷命蘇尼特、四子部落出兵2000，駐于邊訊要地;命歸化城(今內蒙古呼和浩特)兵1000待調遣。九月，噶爾丹分兵三路，沿途劫掠，擬集中進攻蘇尼特邊哨愛必汗喀喇鄂博之地。康熙帝調京城八旗兵200名，火器營兵1000名，大同、宣府兩鎮綠旗營兵各干名，以鎮國公蘇努統領，預備侯旨;命隨同圍獵之八旗兵200名，由都統諾敏、彭春等率往安親王岳樂軍前。土謝圖汗、哲布尊丹巴、車臣汗烏默客等相繼來歸，清廷給予安置。

　　二十九年五月，噶爾丹在沙俄殖民者的支持和慫恿下，以追尋土謝圖汗和哲布尊丹巴為名集兵3萬，渡烏札河，揚言請俄羅斯兵，會攻喀爾喀。康熙帝一面警告沙俄不要干涉中國內政，一面令理藩院尚書阿喇尼備邊，征調科爾沁、喀喇沁等部兵至阿喇尼軍前，聽候調遣。六月，噶爾丹進入烏爾會河以東地區。尚書阿喇尼領軍阻截，兵敗。

　　噶爾丹入烏珠穆沁地。烏爾會河之敗，使康熙帝意識到噶爾丹不可輕視，如不徹底將其擊敗，后患無窮。于是，康熙帝決議親征。七月初二日，康熙帝命裕親王福全為撫遠大，皇子允禵副之，出古北口;恭親王常寧為安北大，簡親王雅布、信郡王鄂札副之，出喜峰口;內大臣佟國綱、佟國維、索額圖、明珠、阿密達、都統蘇努、喇克達、彭春、阿席坦、諾邁，護軍統領苗齊納、楊岱，前鋒統領班達爾沙、邁圖俱參贊軍務。

　　二十三日，康熙帝于博洛和屯因病回京。二十七日，福全所部抵達拜察河(高涼河)、吐力埂坷(四道河)、克什克騰旗一帶。常寧所部在烏珠穆沁敗于噶爾丹。康熙帝急命常寧速與福全會師，以集中兵力;命康親王杰書率兵由蘇尼特地方進駐歸化城，以斷敵歸路。二十九日，噶爾丹率勁騎2萬，屯兵于烏蘭布通(今內蒙古翁牛特旗西南)。噶爾丹駐烏蘭布通峰頂，于峰前布設“駝城”，嚴密守御。

　　八月初一日，福全率軍向烏蘭布通發起進攻，連戰3日，大敗噶爾丹。初四日，福全誤中噶爾丹緩兵之計，使噶爾丹逃脫(參見烏蘭布通之戰)。噶爾丹率余兵千余，以科布多(今蒙古吉爾格朗圖)為基地，恢復生機。三十年正月，康熙帝授都統瓦岱為定北，駐張家口;授都統郎談為安北，駐大同，以防御噶爾丹。

　　五月，康熙帝親至多倫諾爾(今內蒙古錫林格勒盟多倫)，召集喀爾喀蒙古左右翼、內蒙古四十九旗王公貴族盟會，使喀爾喀蒙古完全降附于清，成為守御北疆的堅強力量。三十四年八月，康熙帝密諭科爾沁土謝圖親王沙津遣人詳約噶爾丹。十一月，噶爾丹率兵6000人，果然沿克魯倫河而下，至河源處屯聚，于巴彥烏蘭(今蒙古溫都爾汗西)肆掠牲畜。三十五年二月，康熙帝再次親征，以三路清軍約期夾攻。

　　五月，清西路軍在大費揚古率領下，于昭莫多(今蒙古烏蘭巴托以南的宗莫德)大敗噶爾丹，殲滅其主力(參見昭莫多之戰)，噶爾丹僅率數十騎遁。六月，噶爾丹部將丹濟拉偷襲翁吉(今蒙古阿爾拜赫雷東南)，企圖劫奪軍糧，被清軍大敗。噶爾丹再無力組織進攻。三十六年二月，康熙帝親至寧夏指揮，命馬思喀和費揚古分別率領兩路清軍，征討噶爾丹。噶爾丹窮途末路，飲藥自盡。丹濟拉向清軍投降。

　　噶爾丹，清代厄魯特蒙古準噶爾部首領，巴圖爾琿臺吉第六子。康熙九年(1670年)，其兄僧格在準噶爾貴族內訌中被殺;次年，噶爾丹自西藏返回，擊敗政敵，奪得準噶爾部統治權;十五年，噶爾丹俘獲其叔父楚琥布烏巴什，次年擊敗和碩特部首領鄂齊爾圖汗;十八年，__喇嘛贈以博碩克圖汗稱號;二十七年，進攻喀爾喀蒙古土謝圖汗部，繼而進軍內蒙古烏朱穆秦地區，威逼北京，康熙帝曾3次親征;二十九年，烏蘭布通之戰，噶爾丹敗退至科布多;三十五年，昭莫多(今內蒙古肯特山南)之戰，噶爾丹主力軍被清軍擊潰，部眾叛離;三十六年三月，噶爾丹卒于科布多。